四川省屏山县老君山国家级自然保护区管理局设四个内设机构。

（一）综合股

负责局机关政务事务工作，保证机关正常运行；负责局机关文秘、政务信息、档案、收发、文印、机要、信访、保密、年度考核、目标责任制度考核、机关卫生、安全、车辆、计划生育、精神文明建设等工作；负责保护区的年度财务预、决算和各种经济往来；严格财务制度，认真执行《会计法》及其它法律法规，负责保护区固定资产、流动资金的使用和核算工作；围绕保护区工作中心深入调查研究，提供准确信息，为局领导决策提供科学依据；协调各部门工作，准确传达局领导的指示，及时汇报工作中出现的问题，反映职工意见建议，为各股室提供后勤服务；督办局领导交办的其他工作。

（二）保护宣教股

依照《自然保护区条例》，负责保护区范围内的自然资源、珍稀动植物的保护管理；协助公安派出所依法打击在保护区内破坏野生动植物资源和林木、林地资源的违法犯罪活动；广泛宣传贯彻国家有关法律、法规、政策；指导乡镇、村（社）进行资源保护管理，会同社区制定保护协议，落实保护义务；与乡镇、村（社）共同制定有利生态环境建设的规划和可持续发展计划，并督促村（社）按规划实施；组织生产技能培训、市场营销培训等，协调保护区和乡镇、村（社）的生态经济开发，实现保护区和乡镇、村（社）经济的共同发展；负责组织开展保护区生态旅游及多种经营活动，为保护区发展积累资金；完成局领导交办的其他工作。

（三）科研监测股

依照《自然保护区条例》，在保护区内开展常规性科研工作，编制科研报告；与国内外科研院所、大专院校进行科研合作与交流，开展专题性的科研工作；做好保护区自然资源的调查统计和记录工作；组织和协调在保护区内进行的各项科研工作；与保护宣教股协作，将巡护人员作为兼职的科研人员，进行保护区的生态监测及基础数据的收集与更新等，为保护区有效保护管理提供科学依据；组织保护区职工学习科学技术，提高业务水平；负责科研档案、标本、仪器设备、图书资料的管理及科普宣传教育等；完成局领导交办的其他工作。

（四）保护站

认真宣传《自然保护区条例》和《野生动植物保护法》及其它有关法律法规；坚持巡护和进行野生动物现场抢救工作，做好巡护记录；进行保护野生动植物的生态监测工作，配合科研监测收集基础数据；严格火源管理，消除火灾隐患，禁止区内乱砍滥伐、乱捕滥猎、毁林开荒、乱开滥采等人为活动；搞好社区关系，配合各股室工作；及时上报保护区内所发生的重大问题；统一管理各片区保护站，负责管理和协调各片区保护站的日常工作；认真完成上级交办的各项工作任务。